Il medesimo significato si può leggere nell'impianto architettonico e nei materiali che lo compongono, fortemente legati al luogo. Non è, in effetti non poteva esserlo per il significato dell'edificio, un complesso architettonico estraneo alla topologia e alla natura di Mozia e dello stesso Stagnone. Nasce e vive sull'acqua ed è contornato dai mulini tipici della zona che per il museo hanno il significato di attivare al suo interno un movimento d'acqua. Gli arbusti e i giunchi dello stagno sono stati gli elementi ispiratori del tessuto di copertura dell'intero edificio.